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1987年，臺灣解嚴，各種議題的改革與民主化聲浪四起。一群被稱作野百合世代的學生，與社會工作者，希望政府重新制定一部符合臺灣現況的憲法。從1990年開始，開啟了長達一年的「制憲運動」，影響臺灣憲政至今。

然而，在1991年的5月，調查局逮捕了四位青年，其中一位當時仍是就讀清大歷史所的學生。他們被以懲治叛亂條例起訴，最重可以「二條一」判刑，此為唯一死刑，此舉引起深藏在民間的白色恐怖之懼。學生於校園串聯罷課，社會各界進行聲援，進駐臺北火車站，挺身抗議。立法院更於九日內，廢除實行長達42年的懲治叛亂條例！

《末代叛亂犯》是由四位清大學生拍攝及製作的紀錄片。欲透過深度訪談與歷史文獻爬梳，重現1991年所發生的「獨台會案」過程及其後續發展。

林錦賢小學時因為國語講不好而被欺負，長大後自學成為閩南語教師，並研究起地方文史。然而，身為兼課教師的宿命是不斷地漂泊寄宿，他所擅長的地方文史採集也逐漸無用武之地，那些和老人們歡唱相褒歌的日子都走遠了。驀然回首，林錦賢才發現自己就像流浪狗一樣，不知道未來在那裡。